Ân Dũng sinh vào tháng 8 năm 1969 tại huyện Hán Dương thuộc chuyên thự Hiếu Cảm, nay là quận Thái Điện của thủ phủ Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa.[1] Ông lớn lên và tốt nghiệp cao trung ở Vũ Hán, đến tháng 9 năm 1987 thì thi cao khảo và thi đỗ Đại học Thanh Hoa,[2] tới thủ đô Bắc Kinh nhập học hệ tự động hóa của trường và tốt nghiệp với hai bằng cử nhân về tự động hóa và quản lý xí nghiệp vào tháng 7 năm 1992. Với kết quả học tập và tốt nghiệp xuất sắc, Ân Dũng sau tốt nghiệp được tiến cử là nghiên cứu sinh sau đại học về kỹ thuật hệ thống tại Học viện Quản lý kinh tế của Thanh Hoa theo chương trình tiến sĩ. Ông theo học và nghiên cứu với sự hướng dẫn của Giáo sư Trịnh Duy Mẫn – một trong những người sáng lập ngành kỹ thuật hệ thống của Trung Quốc và là người sáng lập chuyên ngành kỹ thuật hệ thống và tự động hóa công nghiệp của Đại học Thanh Hoa,[3] cùng với Nghiên cứu viên, Tiến sĩ Chu Tiểu Xuyên, vào thời điểm đó là Phó Hành trưởng Ngân hàng Nhân dân Trung Quốc.[4] Năm 1997, ông bảo vệ thành công luận án tiến sĩ đề tài "Định giá chứng khoán và quản lý đầu tư dựa trên thời gian Fractal và phân bố ổn định" (基于时间分形和稳定分布的证券定价与投资管理), trở thành Tiến sĩ Kỹ thuật hệ thống. Ân Dũng cũng được kết nạp Đảng Cộng sản Trung Quốc vào tháng 5 năm 1994 tại trường Thanh Hoa. Trong những năm công tác, ông từng theo học chương trình cao học của Đại học Harvard và nhận thêm bằng Thạc sĩ Quản lý công cộng.[5]